Arrêt maladie et congés payés : comment recalculer les compteurs ?

Arrêt maladie et congés payés : comment recalculer les compteurs ?

Depuis la loi DDADUE du 22 avril 2024, la gestion des congés payés pendant les arrêts maladie est devenue un véritable sujet de conformité paie. Longtemps, les périodes de maladie non professionnelle étaient neutralisées dans l’acquisition des congés payés. Cette pratique ne peut plus être appliquée mécaniquement. Désormais, le salarié en arrêt maladie non professionnelle acquiert des congés payés, mais selon un rythme spécifique.

Pour les gestionnaires paie, cette évolution impose une nouvelle méthode de contrôle. Il ne suffit plus de regarder le compteur affiché par le logiciel. Il faut comprendre comment ce compteur a été alimenté, quelle absence a été saisie, quelle période de référence est concernée, et quelle règle d’acquisition a été appliquée.

Le sujet paraît technique, mais il est très concret. Une erreur de compteur peut avoir des conséquences sur le bulletin, l’information du salarié, le report des congés, le solde de tout compte et les provisions comptables. C’est donc un point de vigilance à intégrer dans les contrôles mensuels et dans les clôtures de période.

📌 Le changement de logique

Avant la réforme, beaucoup d’entreprises appliquaient une règle simple : un salarié absent pour maladie non professionnelle n’acquérait pas de congés payés pendant son absence, sauf disposition conventionnelle plus favorable. Cette logique était ancrée dans les pratiques de paie et souvent intégrée automatiquement dans les logiciels.

Depuis la loi DDADUE, cette approche doit être revue. Le salarié en arrêt pour maladie non professionnelle acquiert désormais 2 jours ouvrables de congés payés par mois, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. Cette acquisition est inférieure à celle d’un salarié présent ou assimilé à du temps de travail effectif, qui acquiert en principe 2,5 jours ouvrables par mois, soit 30 jours ouvrables sur une période complète.

La différence est importante. Elle oblige la paie à distinguer les périodes travaillées, les périodes de maladie non professionnelle et les périodes d’arrêt d’origine professionnelle. Le même compteur de congés peut donc être alimenté par plusieurs rythmes d’acquisition au cours d’une même période de référence.

🧾 Une méthode de calcul à sécuriser

La première étape consiste à identifier la période de référence applicable dans l’entreprise. Dans beaucoup de structures, elle court du 1er juin au 31 mai. Mais certaines entreprises appliquent l’année civile ou une période conventionnelle différente.

Ensuite, il faut reconstituer la chronologie du salarié. Il ne faut pas se limiter au solde visible dans le logiciel. Il faut reprendre les périodes travaillées, les périodes d’absence et la nature de chaque absence.

Prenons le cas d’un salarié dont la période d’acquisition court du 1er juin 2025 au 31 mai 2026. Il travaille du 1er juin au 31 décembre 2025, puis est placé en arrêt maladie non professionnelle du 1er janvier au 31 mai 2026.

Sur la période travaillée, il acquiert :

➡️ 7 mois × 2,5 jours ouvrables = 17,5 jours ouvrables.

Sur la période de maladie non professionnelle, il acquiert :

➡️ 5 mois × 2 jours ouvrables = 10 jours ouvrables.

Le total acquis sur la période est donc de 27,5 jours ouvrables, sous réserve des règles d’arrondi prévues par les usages, le logiciel ou la convention collective.

Si le logiciel neutralise encore la maladie non professionnelle, le compteur affichera seulement 17,5 jours. L’écart est de 10 jours. Ce n’est pas un détail. Ces 10 jours devront être pris, reportés ou indemnisés selon la situation du salarié.

⚠️ Les arrêts longs : le vrai point de risque

Les arrêts longs sont les dossiers les plus sensibles. Un salarié absent pour maladie non professionnelle pendant toute une période d’acquisition peut acquérir jusqu’à 24 jours ouvrables. Si l’entreprise n’a pas adapté ses paramétrages, le compteur peut afficher zéro, alors que le salarié dispose de droits.

Imaginons un salarié en arrêt maladie non professionnelle du 1er juin 2025 au 31 mai 2026. Il n’a pas travaillé sur la période. Son compteur ne doit pas rester à zéro. Il acquiert 24 jours ouvrables.

Cette situation est fréquente dans les dossiers de longue maladie. Elle peut concerner des salariés en affection de longue durée, des salariés en arrêt après une opération lourde, ou encore des salariés dont la reprise est repoussée plusieurs fois. En paie, ces dossiers ne doivent pas être traités uniquement comme des absences. Ils doivent aussi être suivis comme des périodes génératrices de droits à congés payés.

Le risque est d’autant plus important que les droits peuvent ensuite faire l’objet d’un report. La paie doit donc être capable de répondre à plusieurs questions : combien de jours ont été acquis ? Sur quelle période ? Sont-ils encore disponibles ? Ont-ils été reportés ? Quelle est leur date limite de prise ? Le salarié a-t-il été informé ?

🏥 Ne pas confondre maladie non professionnelle et AT/MP

Un autre point essentiel concerne la nature de l’arrêt. La maladie non professionnelle n’est pas traitée comme l’accident du travail ou la maladie professionnelle.

En maladie non professionnelle, le salarié acquiert 2 jours ouvrables par mois dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. En accident du travail ou maladie professionnelle, l’arrêt est assimilé à du temps de travail effectif pour l’acquisition des congés payés. Le rythme applicable est donc celui du droit commun, soit 2,5 jours ouvrables par mois, dans la limite de 30 jours ouvrables.

La saisie du bon code absence devient donc un point stratégique. Un accident du travail saisi par erreur en maladie non professionnelle peut sous-évaluer les droits du salarié. À l’inverse, une maladie non professionnelle saisie en AT/MP peut les surévaluer.

Ce contrôle doit être réalisé dès la réception de l’arrêt, puis au moment du calcul des compteurs. La paie doit pouvoir faire le lien entre les justificatifs d’absence, les déclarations AT/MP, les IJSS et les compteurs congés.

🧮 Cas de calcul avec changement de situation

Une salariée est présente du 1er juin au 30 septembre 2025. Elle est ensuite en arrêt maladie non professionnelle du 1er octobre au 31 décembre 2025. À partir du 1er janvier 2026, son arrêt est reconnu en maladie professionnelle jusqu’au 31 mai 2026.

Le compteur doit être calculé en trois parties :

➡️ juin à septembre : 4 mois travaillés × 2,5 jours = 10 jours ouvrables ; ➡️ octobre à décembre : 3 mois maladie non professionnelle × 2 jours = 6 jours ouvrables ; ➡️ janvier à mai : 5 mois maladie professionnelle × 2,5 jours = 12,5 jours ouvrables.

Le total est donc de 28,5 jours ouvrables.

Cet exemple montre pourquoi un compteur global peut devenir insuffisant. La paie doit pouvoir distinguer l’origine des droits. C’est indispensable pour expliquer le calcul au salarié, contrôler le solde de tout compte et justifier les provisions.

📩 Lien avec l’information au salarié

Le recalcul des compteurs n’est pas seulement un sujet interne. Il conditionne aussi l’information à transmettre au salarié à son retour d’arrêt.

Lorsque le salarié reprend le travail, l’employeur doit l’informer du nombre de jours de congés dont il dispose et de la date jusqu’à laquelle ils peuvent être pris. Cette information suppose que le compteur soit fiable. Si les droits ont été mal calculés, l’information transmise sera elle-même erronée.

Le risque est double. D’un côté, le salarié peut être privé de jours auxquels il avait droit. De l’autre, l’entreprise peut mal faire courir le délai de report. Dans les deux cas, le dossier devient fragile en cas de contestation.

🧾 Impact sur le solde de tout compte

Le recalcul est également indispensable en cas de départ du salarié. Si un salarié quitte l’entreprise après une période de maladie, il faut vérifier si des congés ont été acquis pendant l’arrêt. Ces droits doivent être pris en compte dans l’indemnité compensatrice de congés payés.

Un salarié quitte l’entreprise le 31 juillet 2026. Il a été en maladie non professionnelle du 1er janvier au 31 mai 2026, puis a repris en juin et juillet. Le logiciel affiche 5 jours acquis pour juin et juillet. Mais il faut ajouter les 10 jours acquis pendant la maladie. Si aucun congé n’a été pris, l’indemnité compensatrice devra porter sur 15 jours ouvrables.

Ce contrôle doit devenir systématique dans les procédures de sortie. Il ne doit pas dépendre uniquement du compteur affiché.

🛠️ Les contrôles à intégrer en paie

Pour sécuriser les compteurs, plusieurs contrôles sont recommandés.

Il faut d’abord vérifier que chaque code absence produit le bon effet sur les congés payés. La maladie non professionnelle doit générer 2 jours ouvrables par mois. L’AT/MP doit générer 2,5 jours ouvrables par mois. Les absences non assimilées, comme certaines absences injustifiées ou congés sans solde, doivent être traitées selon leur régime propre.

Il faut ensuite contrôler les arrêts longs, les reprises après maladie, les sorties de salarié après absence, et les dossiers comportant plusieurs natures d’arrêt sur une même période.

Enfin, il est utile de mettre en place un tableau de suivi. Ce tableau peut distinguer la période de référence, la nature de l’absence, les jours acquis, les jours reportés, la date de reprise, la date d’information et la date limite de prise.

✅ À retenir

Le recalcul des compteurs de congés payés après la loi DDADUE est un sujet majeur de paie. Il ne s’agit pas seulement d’ajouter des jours dans un logiciel. Il faut qualifier l’absence, appliquer le bon rythme d’acquisition, suivre les droits reportés et sécuriser les informations transmises au salarié.

Le bon réflexe est de ne jamais considérer qu’un arrêt maladie neutralise automatiquement les congés payés. Chaque dossier doit être lu dans sa chronologie. C’est cette lecture qui permet de produire un compteur fiable, un bulletin juste et un solde de tout compte sécurisé. 🧾✅