Arrêts maladie : ce qui va changer à partir de septembre 2026 🤒

À compter du 1er septembre 2026, de nouvelles règles vont encadrer la prescription et la prolongation des arrêts de travail. La réforme introduit notamment des durées maximales de référence et renforce le suivi des arrêts longs.

Ces changements ne suppriment pas le droit aux indemnités journalières et ne signifient pas qu’un salarié malade devra obligatoirement reprendre son poste au bout d’un ou deux mois. Ils imposent surtout un renouvellement plus régulier de l’arrêt et, dans certaines situations, une justification médicale plus précise.

Un premier arrêt limité à 31 jours 📅

À partir du 1er septembre 2026, la durée d’un premier arrêt de travail prescrit par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme sera en principe limitée à 31 jours.

Concrètement, un professionnel de santé ne pourra plus prescrire directement un arrêt initial de plusieurs mois sans apporter de justification particulière. Si l’état de santé du patient ne lui permet toujours pas de reprendre son activité à la fin de cette période, une prolongation devra être établie.

Cette mesure ne fixe donc pas une durée maximale totale de maladie. Elle limite seulement la durée pouvant être prescrite en une seule fois lors de l’arrêt initial.

Les prolongations plafonnées à 62 jours ⏳

Une prolongation d’arrêt de travail pourra être prescrite pour une durée maximale de 62 jours, soit environ deux mois.

À l’issue de cette période, le patient devra de nouveau consulter un professionnel de santé si son état nécessite la poursuite de l’arrêt. L’objectif est d’assurer un suivi médical plus régulier et d’éviter que des arrêts particulièrement longs soient prescrits sans réévaluation de la situation.

La réforme pourra donc entraîner davantage de consultations pour les personnes atteintes d’une maladie longue, en attente d’une intervention ou engagées dans un traitement nécessitant plusieurs mois de repos.

Des dérogations resteront possibles 🩺

Les plafonds de 31 jours pour l’arrêt initial et de 62 jours pour une prolongation ne seront pas totalement rigides.

Le professionnel de santé pourra prescrire une durée plus longue lorsqu’elle est médicalement nécessaire. Il devra alors justifier cette décision directement sur la prescription, en tenant compte de l’état du patient et, lorsqu’elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.

Un patient atteint d’une pathologie lourde, victime d’un accident important ou suivant un traitement particulièrement contraignant pourra donc toujours bénéficier d’un arrêt plus long. La réforme impose cependant au prescripteur d’expliquer pourquoi le dépassement du plafond est justifié.

Ces nouveaux plafonds ne seront pas applicables à Mayotte.

Un suivi renforcé après trois mois d’arrêt 🔍

Lorsqu’un arrêt de travail devra être renouvelé au-delà de trois mois, le professionnel de santé pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance Maladie.

Le médecin-conseil pourra alors examiner la situation et se prononcer sur la justification médicale de la poursuite de l’arrêt. Il pourra également participer à la préparation d’une reprise du travail, d’un aménagement de poste ou d’un temps partiel thérapeutique.

Cette intervention ne sera pas nécessairement synonyme de reprise immédiate. Elle devra permettre de vérifier que l’arrêt reste adapté à la situation du patient et d’anticiper, lorsque cela est possible, son retour dans l’entreprise.

Les règles de prolongation restent encadrées ⚠️

Pour continuer à percevoir ses indemnités journalières, le salarié devra toujours faire prolonger son arrêt par le médecin ayant établi la prescription initiale ou par son médecin traitant.

La prolongation pourra également être réalisée, dans les limites de leurs compétences, par une sage-femme ou un chirurgien-dentiste. Un autre professionnel pourra intervenir si le patient est dans l’impossibilité de consulter le prescripteur initial ou son médecin traitant, mais cette situation devra être justifiée.

Les règles particulières applicables aux arrêts prescrits ou prolongés en téléconsultation continueront également de s’appliquer.

Une réforme qui ne change pas directement l’indemnisation 💶

Les décrets applicables en septembre 2026 portent principalement sur la durée des prescriptions. Ils ne créent pas un nouveau délai de carence et ne modifient pas directement le montant des indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie.

Les salariés devront toutefois rester particulièrement vigilants lors des renouvellements. Une prolongation transmise trop tardivement ou établie par un professionnel non autorisé peut provoquer une interruption ou un retard dans le versement des indemnités.

Il sera donc conseillé d’anticiper la fin de chaque période d’arrêt et de prendre rendez-vous suffisamment tôt avec le professionnel de santé compétent.

Des changements également prévus dans la fonction publique 🏛️

À partir de septembre 2026, plusieurs règles relatives aux congés pour raisons de santé des agents publics vont également évoluer.

L’administration pourra notamment organiser un contrôle administratif afin de vérifier la présence de l’agent à son domicile lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou pendant les heures de présence obligatoire. Une absence injustifiée ou le refus du contrôle pourra entraîner l’interruption de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt.

Pour les congés de longue maladie ou de longue durée, une période pouvant aller jusqu’à six mois pourra être accordée ou renouvelée sur présentation d’un avis d’arrêt de travail.

Les agents en arrêt pourront aussi, sous certaines conditions et avec un avis médical favorable, suivre une formation ou réaliser un bilan de compétences afin de préparer une réadaptation ou une reconversion professionnelle. Certains examens médicaux pourront enfin être réalisés à distance.

Pourquoi renforcer l’encadrement des arrêts maladie ? 🤔

Le Gouvernement souhaite mieux maîtriser la progression des dépenses liées aux indemnités journalières et renforcer la lutte contre les arrêts injustifiés.

L’objectif affiché est aussi d’améliorer le suivi des patients en arrêt long et de préparer plus tôt leur retour à l’emploi. Une reprise trop tardive ou insuffisamment préparée peut en effet favoriser la désinsertion professionnelle, notamment lorsque le salarié reste éloigné de son entreprise pendant plusieurs mois.

La réforme suscite néanmoins des inquiétudes. Les patients atteints de maladies chroniques pourraient être contraints de multiplier les consultations uniquement pour renouveler leur arrêt. Les médecins craignent également une augmentation des démarches administratives et du temps consacré aux justificatifs.

Ce qu’il faut retenir 💡

À compter du 1er septembre 2026, un premier arrêt de travail sera normalement prescrit pour une durée maximale de 31 jours. Une prolongation pourra ensuite couvrir jusqu’à 62 jours.

Une durée supérieure restera possible lorsque le professionnel de santé la juge nécessaire, à condition de la justifier médicalement. Après trois mois de renouvellement, le prescripteur pourra également demander l’avis du service du contrôle médical.

La réforme ne limite donc pas la durée totale pendant laquelle une personne peut rester en arrêt maladie. Elle impose surtout des prescriptions plus courtes, des réévaluations régulières et un suivi renforcé des absences prolongées. 🩺

Article à jour au 7 août 2026, d’après le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026, le décret n° 2026-499 du 12 juin 2026 et le décret relatif aux congés pour raisons de santé dans la fonction publique.