Temps partiel thérapeutique : comment calculer le salaire et gérer la paie mois par mois ?

Le temps partiel thérapeutique est un dispositif très utile pour accompagner la reprise progressive d’un salarié après un arrêt de travail ou dans une situation médicale nécessitant une activité réduite.

Mais en paie, c’est un sujet sensible.

Pourquoi ?

Parce qu’il ne suffit pas d’appliquer un pourcentage au salaire habituel.

Un salarié qui reprend à 50 % ne perçoit pas automatiquement “50 % de salaire + 50 % d’indemnités”.

La paie doit distinguer plusieurs éléments :

✅ les heures réellement travaillées ;

✅ les heures non travaillées au titre du temps partiel thérapeutique ;

✅ l’absence correspondante ;

✅ les IJSS versées par la CPAM ;

✅ l’éventuel maintien ou complément employeur ;

✅ la subrogation ou l’absence de subrogation ;

✅ les régularisations ;

✅ l’attestation mensuelle à transmettre à la CPAM ;

✅ la DSN.

Chez PAD, nous insistons sur un principe simple : le temps partiel thérapeutique doit être suivi mois par mois, avec des justificatifs précis.

Un mauvais traitement peut générer un bulletin incompréhensible, un trop-perçu, un manque à gagner pour le salarié, une anomalie DSN ou une régularisation plusieurs mois après.

🔎 Le temps partiel thérapeutique, c’est quoi ?

Le temps partiel thérapeutique permet à un salarié de reprendre ou de poursuivre son activité avec une durée de travail réduite pour raison médicale.

L’objectif est de favoriser la reprise, l’amélioration de l’état de santé ou le maintien dans l’emploi.

Le salarié travaille une partie de son temps habituel.

L’autre partie correspond à une absence liée au motif thérapeutique.

Selon les conditions remplies, cette absence peut être indemnisée par des IJSS, c’est-à-dire des indemnités journalières de Sécurité sociale.

Le salarié perçoit donc généralement deux sources possibles :

➡️ un salaire versé par l’employeur pour les heures travaillées ;

➡️ des IJSS versées par l’Assurance Maladie, directement au salarié ou à l’employeur en cas de subrogation.

📌 Les documents à réunir avant de faire la paie

Avant de préparer le premier bulletin en temps partiel thérapeutique, il faut réunir les bons documents.

En paie, on doit notamment avoir :

✅ la prescription médicale ;

✅ les dates de début et de fin prévues ;

✅ l’accord ou les modalités de reprise ;

✅ l’avis du médecin du travail lorsque nécessaire ;

✅ le planning validé ;

✅ la durée réellement travaillée ;

✅ le contrat de travail ;

✅ l’écrit ou l’avenant formalisant l’organisation temporaire ;

✅ les éventuels avenants précédents ;

✅ la convention collective ;

✅ les règles de maintien de salaire ;

✅ les décomptes IJSS CPAM ;

✅ les informations de subrogation.

Sans ces éléments, le bulletin devient fragile.

Il faut éviter de faire une paie “estimée” sans suivi, surtout lorsque les IJSS arrivent avec décalage.

✍️ Faut-il faire un avenant en temps partiel thérapeutique ?

Oui, il est fortement recommandé de formaliser le temps partiel thérapeutique par écrit.

En pratique, l’organisation temporaire doit être claire pour le salarié, l’employeur et la paie.

Cet écrit peut prendre la forme d’un avenant ou d’un document signé/validé précisant les conditions de reprise.

Il doit notamment indiquer :

✅ la date de début du temps partiel thérapeutique ;

✅ la date de fin prévue ou la période concernée ;

✅ la durée de travail temporairement applicable ;

✅ la quotité retenue ;

✅ la répartition des horaires ;

✅ les jours travaillés ;

✅ les modalités de retour à l’horaire habituel ;

✅ les éventuelles prolongations ;

✅ les règles de transmission des plannings ;

✅ la référence au cadre thérapeutique, sans détailler la pathologie.

Pourquoi cet écrit est important ?

Parce qu’il permet de sécuriser le contrat, le planning, la paie et la DSN.

Sans écrit, le gestionnaire de paie peut difficilement savoir si le salarié devait travailler 50 %, 60 %, certains jours précis, certains horaires particuliers, ou si la situation a changé en cours de mois.

Il faut également distinguer l’écrit d’organisation du temps partiel thérapeutique et les informations médicales.

Le document utile à la paie doit préciser l’organisation du travail.

Il ne doit pas détailler la pathologie du salarié.

👉 Le bon réflexe PAD : ne jamais traiter un temps partiel thérapeutique uniquement sur la base d’un pourcentage oral.

Il faut un écrit, une période claire, un planning validé et une transmission complète au service paie.

🧾 Le salaire employeur : uniquement les heures travaillées

Le principe de base est simple.

L’employeur rémunère les heures réellement travaillées.

Les heures non travaillées au titre du temps partiel thérapeutique doivent être identifiées comme une absence spécifique dans le logiciel de paie.

Il ne faut donc pas simplement diviser le salaire par deux ou appliquer un pourcentage automatique.

Le calcul dépend :

✅ du planning ;

✅ du nombre d’heures réellement travaillées ;

✅ du taux horaire ;

✅ des jours fériés ;

✅ des congés payés ;

✅ des primes ;

✅ des absences ;

✅ de la méthode de retenue utilisée.

🧮 Exemple : salarié à 50 %

Un salarié est rémunéré 2 400 € brut par mois pour un temps complet de 151,67 heures.

Il reprend en temps partiel thérapeutique à 50 %.

Il travaille 75,84 heures sur le mois.

Taux horaire théorique :

2 400 € ÷ 151,67 = 15,82 €.

Salaire brut correspondant aux heures travaillées :

75,84 h × 15,82 € = environ 1 200 € brut.

Mais attention : ce calcul est une base pédagogique.

En pratique, le montant peut varier selon les heures réellement planifiées, les jours du mois, les jours fériés, les absences, les primes et la méthode de retenue appliquée.

⚠️ Pourquoi le salaire n’est pas toujours exactement égal au pourcentage ?

Un temps partiel thérapeutique à 50 % ne donne pas toujours exactement 50 % du salaire habituel sur le bulletin.

Plusieurs éléments peuvent modifier le résultat :

➡️ le mois n’a pas toujours le même nombre de jours ouvrés ;

➡️ le planning peut répartir les heures différemment ;

➡️ un jour férié peut tomber sur un jour travaillé ou non travaillé ;

➡️ des congés payés peuvent être posés ;

➡️ des primes peuvent être maintenues, proratisées ou exclues ;

➡️ des variables peuvent être dues ;

➡️ la convention collective peut prévoir une méthode particulière.

👉 Le réflexe PAD : on calcule à partir du planning réel, pas uniquement à partir du pourcentage médical.

🏥 Les IJSS : un flux à traiter à part

Les IJSS ne sont pas du salaire versé par l’employeur.

Elles sont calculées et versées par la CPAM, directement au salarié ou à l’employeur si la subrogation est appliquée.

En temps partiel thérapeutique, les IJSS peuvent compléter la rémunération liée aux heures non travaillées.

Mais leur montant n’est pas toujours égal à la perte de salaire.

Il dépend des règles d’indemnisation de l’Assurance Maladie, des informations transmises, du salaire de référence et des limites applicables.

L’employeur ne doit donc pas inventer un montant d’IJSS.

Il doit s’appuyer sur les décomptes CPAM ou effectuer une régularisation lorsque le décompte définitif arrive.

📤 L’attestation mensuelle CPAM à transmettre à terme échu

C’est un point essentiel.

En temps partiel thérapeutique, l’employeur doit établir une attestation de salaire à chaque mois échu.

Cela signifie qu’elle est réalisée une fois le mois terminé, lorsque les éléments réels du mois sont connus.

Cette attestation permet à la CPAM de calculer les IJSS dues au salarié au titre du temps partiel thérapeutique.

Elle doit notamment permettre d’identifier :

✅ la période de temps partiel thérapeutique concernée ;

✅ le salaire brut réellement perçu par le salarié ;

✅ le salaire que le salarié aurait perçu s’il avait travaillé à temps complet ou selon son horaire habituel de référence ;

✅ la perte de salaire sur la période concernée ;

✅ les éventuels congés payés ;

✅ les absences particulières ;

✅ la situation avec ou sans subrogation.

La transmission se fait via net-entreprises.

En pratique, il ne faut donc pas attendre plusieurs mois pour régulariser.

Chaque mois doit être traité séparément.

Exemple :

Un salarié est en temps partiel thérapeutique sur tout le mois de mars.

À la fin du mois de mars, lorsque la paie est connue, l’employeur doit établir l’attestation correspondant à la période de mars.

Cette attestation permettra à la CPAM de calculer les IJSS sur la base du salaire réellement perçu et du salaire perdu.

👉 Le bon réflexe PAD : à chaque clôture de paie, vérifier si un salarié est en temps partiel thérapeutique et préparer l’attestation mensuelle CPAM à terme échu.

Sans cette attestation, le paiement des IJSS peut être retardé ou bloqué.

🔄 Sans subrogation : deux flux pour le salarié

Lorsqu’il n’y a pas de subrogation, l’employeur verse uniquement :

✅ le salaire correspondant aux heures travaillées ;

✅ l’éventuel complément employeur si une règle de maintien s’applique.

La CPAM verse les IJSS directement au salarié.

Le salarié reçoit donc deux flux :

➡️ son bulletin de paie côté employeur ;

➡️ les indemnités journalières côté CPAM.

Sur le bulletin, les IJSS ne sont pas versées par l’employeur.

Il faut donc faire apparaître clairement l’absence et le salaire réellement dû.

Même sans subrogation, l’employeur doit établir l’attestation mensuelle nécessaire au calcul des IJSS.

🧮 Exemple sans subrogation

Un salarié à temps complet perçoit habituellement 2 400 € brut.

Il reprend à 50 % thérapeutique.

L’employeur calcule environ 1 200 € brut pour les heures travaillées.

La CPAM verse les IJSS directement au salarié.

Le bulletin employeur ne doit pas faire croire que l’entreprise verse les IJSS.

Il doit distinguer :

➡️ le salaire de base ;

➡️ la retenue pour absence thérapeutique ;

➡️ le salaire réellement versé par l’employeur ;

➡️ le complément employeur éventuel.

Et côté administratif, l’employeur doit transmettre l’attestation mensuelle à terme échu pour permettre à la CPAM de calculer les IJSS.

🔁 Avec subrogation : vigilance maximale

Avec la subrogation, l’employeur perçoit les IJSS à la place du salarié.

Il les intègre ensuite dans la paie selon les règles applicables.

Mais cela suppose un suivi rigoureux.

Il faut contrôler :

✅ les IJSS attendues ;

✅ les IJSS réellement reçues ;

✅ les périodes indemnisées ;

✅ les montants bruts ou nets selon le traitement ;

✅ la CSG/CRDS applicable ;

✅ le complément employeur ;

✅ les régularisations.

Une IJSS estimée ne doit jamais être confondue avec une IJSS réellement reçue.

Si le décompte CPAM arrive tardivement, il faut régulariser sur le mois suivant.

La subrogation ne dispense pas de l’attestation mensuelle.

Au contraire, elle renforce le besoin de suivi, car l’entreprise doit rapprocher les montants déclarés, les montants attendus, les montants reçus et les montants reversés ou maintenus.

🧮 Exemple avec subrogation

Un salarié reprend à temps partiel thérapeutique.

L’employeur pratique la subrogation.

La paie du mois est préparée avec une estimation d’IJSS de 500 €.

Finalement, la CPAM verse 470 € à l’employeur.

Il existe un écart de 30 €.

Cet écart doit être régularisé dès que le décompte définitif est connu.

Sinon, l’entreprise risque de maintenir un montant qui ne correspond pas à la réalité.

💶 Le complément employeur : vérifier la convention collective

Le complément employeur dépend des règles applicables.

Il peut être prévu par :

✅ la loi ;

✅ la convention collective ;

✅ un accord d’entreprise ;

✅ un usage ;

✅ une décision plus favorable de l’employeur.

Il faut vérifier :

➡️ les conditions d’ancienneté ;

➡️ la durée du maintien ;

➡️ le taux de maintien ;

➡️ la base de calcul ;

➡️ les IJSS à déduire ;

➡️ les exclusions éventuelles ;

➡️ les règles spécifiques au temps partiel thérapeutique.

Le complément employeur doit éviter les doublons.

Il faut tenir compte des IJSS afin de ne pas verser plus que la rémunération de référence, sauf disposition plus favorable.

🧮 Exemple : complément employeur

Un salarié aurait dû percevoir 2 400 € brut s’il avait travaillé à temps complet.

Il perçoit 1 200 € brut pour les heures réellement travaillées.

La CPAM verse des IJSS.

La convention collective prévoit un maintien partiel sous conditions.

La paie doit donc comparer :

➡️ la rémunération de référence ;

➡️ le salaire travaillé ;

➡️ les IJSS ;

➡️ le complément employeur dû.

Ce complément ne doit pas être calculé “à l’œil”.

Il doit être justifié et contrôlé.

🧾 Bulletin de paie : rendre le calcul compréhensible

Le bulletin doit permettre au salarié de comprendre pourquoi il ne perçoit pas son salaire habituel.

Il faut éviter une présentation trop globale.

Le bulletin doit distinguer :

✅ le salaire de base ;

✅ les heures travaillées ;

✅ l’absence temps partiel thérapeutique ;

✅ la retenue correspondante ;

✅ les IJSS subrogées si l’employeur les perçoit ;

✅ le complément employeur éventuel ;

✅ les régularisations d’IJSS ;

✅ les cotisations sociales applicables.

Une ligne vague comme “régularisation maladie” peut générer des incompréhensions.

Chez PAD, nous recommandons une présentation lisible et contrôlable.

📡 DSN : attention aux signalements et à la cohérence

La DSN doit refléter la situation réelle.

Il faut contrôler :

✅ les dates de l’arrêt ou de la reprise ;

✅ les périodes travaillées ;

✅ les périodes non travaillées ;

✅ les salaires déclarés ;

✅ les IJSS en cas de subrogation ;

✅ les signalements arrêt/reprise si nécessaires ;

✅ le salaire rétabli ;

✅ les régularisations ;

✅ les bases de cotisations.

Une erreur de DSN peut avoir des conséquences concrètes :

❌ retard d’indemnisation ;

❌ IJSS calculées sur une mauvaise base ;

❌ rejet ou anomalie ;

❌ régularisation ultérieure ;

❌ incompréhension du salarié.

Le contrôle doit être fait avant la clôture de paie.

Mais attention : la DSN ne remplace pas l’attestation mensuelle CPAM à établir pour le temps partiel thérapeutique.

Les deux sujets doivent être suivis dans le process paie.

🧩 Faut-il parler du plafond de la Sécurité sociale ?

Dans cet article, le PMSS n’est pas le sujet principal.

Il peut avoir un impact indirect si le temps partiel thérapeutique modifie la durée rémunérée, les bases plafonnées ou certains paramètres de paie.

Mais le vrai risque ici est ailleurs :

✅ heures travaillées ;

✅ absence thérapeutique ;

✅ IJSS ;

✅ subrogation ;

✅ maintien ;

✅ attestation mensuelle CPAM ;

✅ DSN ;

✅ régularisations CPAM.

👉 Le réflexe PAD : sur le temps partiel thérapeutique, on sécurise d’abord les périodes, les heures, les IJSS, la subrogation et l’attestation CPAM avant de regarder les paramètres secondaires.

🕒 Temps partiel thérapeutique et heures complémentaires

Le temps partiel thérapeutique repose sur une organisation médicale et professionnelle validée.

Il faut donc être prudent avec les heures effectuées au-delà du planning prévu.

Si le salarié travaille plus que la durée prévue dans le cadre thérapeutique, il faut vérifier :

✅ si le planning a été validé ;

✅ si la prescription est respectée ;

✅ si l’employeur a demandé des heures en plus ;

✅ si la situation reste compatible avec le cadre médical ;

✅ si les heures doivent être payées ;

✅ si elles doivent être qualifiées en heures complémentaires.

Un temps partiel thérapeutique ne doit pas devenir une reprise déguisée à temps complet.

📆 Organiser le suivi sur plusieurs mois

Le temps partiel thérapeutique évolue souvent.

Il peut y avoir :

➡️ une reprise progressive ;

➡️ une prolongation ;

➡️ une modification de la quotité ;

➡️ un nouvel arrêt ;

➡️ un retour à temps complet ;

➡️ un changement de planning ;

➡️ des IJSS versées avec retard.

Il faut donc tenir un suivi mensuel.

Chaque mois, PAD recommande de comparer :

✅ la prescription ;

✅ l’écrit ou l’avenant applicable ;

✅ le planning prévu ;

✅ les heures réalisées ;

✅ les absences ;

✅ les IJSS attendues ;

✅ les IJSS reçues ;

✅ le maintien employeur ;

✅ le bulletin ;

✅ la DSN ;

✅ l’attestation mensuelle CPAM.

🔐 Confidentialité : attention aux informations médicales

Le temps partiel thérapeutique implique une situation de santé.

La confidentialité est donc essentielle.

Le bulletin ne doit pas révéler d’informations médicales détaillées.

Les informations doivent être limitées à ce qui est nécessaire pour traiter administrativement et financièrement la situation.

Il faut éviter de diffuser :

❌ le diagnostic ;

❌ la pathologie ;

❌ des détails médicaux ;

❌ des informations inutiles aux managers ou services non concernés.

Les documents médicaux doivent être conservés avec prudence et accessibles uniquement aux personnes habilitées.

⚠️ Les erreurs fréquentes

Les erreurs les plus courantes sont :

❌ appliquer simplement 50 % du salaire sans regarder les heures réelles ;

❌ traiter le sujet sans écrit ni avenant d’organisation ;

❌ oublier la période exacte du temps partiel thérapeutique ;

❌ confondre absence thérapeutique et temps partiel classique ;

❌ oublier les IJSS ;

❌ oublier l’attestation mensuelle CPAM à terme échu ;

❌ intégrer des IJSS non reçues sans suivi ;

❌ oublier la subrogation ;

❌ ne pas régulariser les écarts CPAM ;

❌ calculer un complément employeur sans vérifier la convention collective ;

❌ maintenir trop ou pas assez ;

❌ ne pas distinguer les lignes sur le bulletin ;

❌ transmettre une DSN incohérente ;

❌ oublier le salaire rétabli ;

❌ ne pas contrôler les dates ;

❌ traiter des informations médicales de façon trop visible.

🛠️ La méthode PAD pour sécuriser la paie

Chez PAD, nous appliquons une méthode simple :

1️⃣ récupérer la prescription et les dates ;

2️⃣ vérifier l’organisation de la reprise ;

3️⃣ contrôler l’avis du médecin du travail si nécessaire ;

4️⃣ formaliser l’organisation par écrit ou avenant ;

5️⃣ établir le planning validé ;

6️⃣ identifier les heures réellement travaillées ;

7️⃣ calculer l’absence thérapeutique ;

8️⃣ vérifier les IJSS ;

9️⃣ identifier la subrogation ou non ;

🔟 calculer le complément employeur ;

1️⃣1️⃣ contrôler le bulletin ;

1️⃣2️⃣ vérifier la DSN ;

1️⃣3️⃣ établir l’attestation mensuelle CPAM à terme échu ;

1️⃣4️⃣ régulariser dès réception des décomptes CPAM.

Cette méthode permet d’éviter les paies approximatives.

✅ À retenir

Le temps partiel thérapeutique ne se calcule pas avec une simple règle de trois.

L’employeur paie les heures réellement travaillées.

La CPAM peut verser des IJSS pour la partie non travaillée, directement au salarié ou à l’employeur en cas de subrogation.

La convention collective peut prévoir un maintien ou un complément employeur.

L’organisation du temps partiel thérapeutique doit être formalisée par écrit, idéalement par avenant ou document signé/validé, afin de sécuriser la période, la durée, la quotité et le planning.

Chaque mois, l’employeur doit établir une attestation de salaire à terme échu pour permettre à la CPAM de calculer les IJSS.

Le bulletin doit distinguer salaire, absence, IJSS, complément et régularisations.

La DSN doit être cohérente avec les périodes, les montants et les signalements.

👉 Le bon réflexe PAD : ne jamais clôturer une paie en temps partiel thérapeutique sans rapprocher prescription, écrit/avenant, planning, heures travaillées, IJSS, subrogation, attestation CPAM, bulletin et DSN.

Une paie bien suivie protège le salarié.

Une paie mal contrôlée peut générer incompréhensions, trop-perçus, retards d’IJSS et régularisations. 🩺🧾